La doctora Rojas se doctoró en Ciencias Sociales con especialidad en Antropología en la Universidad Iberoamericana. Desde 1973 es investigadora del Centro de Investigaciones y Estudios Superiores en Antropología Social (CIESAS), institución de la que fue directora general de 1990 a 1996. Es miembro del Sistema Nacional de Investigadores desde 1985 (nivel III); recibió el premio Francisco Javier Clavijero en las áreas de Historia y Etnohistoria que otorga el Instituto Nacional de Antropología e Historia a la mejor tesis de doctorado en 1985, así como el Premio de Ciencias Sociales de la Academia Mexicana de Ciencias en 1987. Pionera de los estudios históricos sobre los sismos en México, sus áreas de especialización son la etnohistoria de la agricultura, del riego y de la tecnología mesoamericanas y su transformación durante la época virreinal. Ha coordinado varias investigaciones colectivas sobre los temas de su interés y diversos proyectos de recopilación hemerográfica y documental, que han producido índices, catálogos y compilaciones de manuscritos coloniales, de periódicos del siglo XIX y de fotografía histórica. Es codirectora de las colecciones Historia de los Pueblos Indígenas de México (CIESAS/INI, con Mario H. Ruz), (19 tomos); Bienes y vidas olvidados. Testamentos indígenas novohispanos (4 tomos), y Colección Agraria (20 tomos), que reúne los resultados de investigación y de archivística del proyecto Archivos Agrarios (CIESAS/RAN) del cual fue coordinadora general. Actualmente es responsable del proyecto El mundo indígena y su iconografía: 1826-1947 (CIESAS/CONACYT). Es autora, editora y coordinadora de numerosas publicaciones, entre las cuales destacan: La cerámica de Tlayacapan, Morelos; Las siembras de ayer. La agricultura indígena del siglo XVI; La cosecha del agua, pesca, caza de aves y recolección de otros productos biológicos en la Cuenca de México; La agricultura prehispánica; El indio en la prensa nacional mexicana del siglo XIX: Catálogo de noticias; La presencia indígena en el periodismo mexicano del siglo XIX. Catálogo de noticias (con Antonio Escobar); Presente, pasado y futuro de las chinampas; Agricultura indígena, pasado y presente; La agricultura chinampera. Compilación histórica; Historia General de América Latina, volumen 1. Ha sido docente en la ENAH, UIA y el CIESAS y ha dirigido tesis de licenciatura, maestría y doctorado, además de brindar asesoría académica a proyectos de investigación, dictar conferencias, y participar en diversas comisiones dictaminadoras, evaluadoras y editoriales.